オリンピックに参加するため、東京へ訪れたソニックたち。すると突如、「エッグマンシティ」建設を目論むエッグマンによって、東京の街が奪われてしまった！このままでは東京オリンピックが再開できない……。
ソニックはオリンピック競技でエッグマンに勝利し、奪われた東京を取り戻せるのか！？